麻疹病毒属病毒种特异性探针的设计Design of Probes for Species Specificity of Viruses Belonging to Morbillivirus
朱晓光;刘冰;李斌;孙远;付玉;杨松涛;高玉伟;王铁成;夏咸柱;王承宇;
摘要(Abstract)：
目的设计能检测麻疹病毒、犬瘟热病毒、牛瘟病毒、海豹瘟热病毒、海豚瘟热病毒和小反刍兽疫病毒的基因芯片探针,制备芯片用于以上病毒的种特异性检测。方法在ncbi网站下载上述病毒全部基因组序列信息,利用生物学软件CLUSTAL W对从GenBank中获得的6种病毒所有序列进行比对,获得每种病毒有意义的特异序列,以此作为设计oligo探针的备选序列,利用生物软件Primer Premier 5.0设计探针。选择最优化探针,制备基因芯片,并进行特异性验证。结果获得6条长度均一,退火温度相近,特异性良好的种特异性寡核苷酸探针。结论利用GenBank数据库和生物学软件Primer Premier 5.0设计病毒检测基因芯片探针,是一种快速、有效的方法。
关键词(KeyWords)： 麻疹病毒属;种特异性;探针;基因芯片
基金项目(Foundation): 军队医药卫生科研基金06G138
作者(Author): 朱晓光;刘冰;李斌;孙远;付玉;杨松涛;高玉伟;王铁成;夏咸柱;王承宇;
Email:
参考文献(References)：
- [1]Wang XW,Zhang L,Jin LQ,et al.Development and application of an oligonucleotide microarray for the detection of food-borne bacte-rial pathogens[J].Appl Microbiol Biotechnol,2007,76(1):225-233.
- [2]朱晓光,杨银辉,康晓平,等.13种虫媒病毒基因芯片检测方法的建立[J].解放军医学杂志,2007,32(8):832-835.
- [3]Wei T,Pearson MN,Blohm D,et al.Development of a short oligonucleotide microarray for the detection and identification of multiple potyviruses[J].J Virol Methods,2009,162(1-2):109-118.
- [4]Wiesinger-Mayr H,Vierlinger K,Pichler R,et al.Identification of human pathogens isolated from blood using microarray hybridisa-tion and signal pattern recognition[J].BMC Microbiol,2007(,78):1-17.
- [5]杨银辉,祝庆余.基因芯片技术在病毒性病原体检测中的研究进展[J].生物技术通讯,2008,19(4):600-603.
- [6]Chou CC,Lee TT,Chen CH,et al.Design of microarray probes for virus identification and detection of emerging viruses at the genus level[J].BMC Bioinformatics,2006,7(232):1-12.
- [7]Wang D,Coscoy L,Zylberberg M,et al.Microarray-based detection and genotyping of viral pathogens[J].Proc Natl Acad Sci USA,2002,99(24):15687-15692.
- [8]Jansen J,Verbakel H,Peleman J,et al.A note on the measurement of genetic diversity within genebank accessions of lettuce(Lactuca sativa L.)using AFLP markers[J].Theor Appl Genet,2006,112(3):554-561.
- [9]Camacho C,Coulouris G,Avagyan V,et al.BLAST+:architecture and applications[J].BMC Bioinformatics,2009,10(421):1-9.